Carton podaje obszerną krytykę baconowskiego wyobrażenia iluminacji oraz jak miała się ona do jego filozofii nauki eksperymentalnej. Czym dokładnie jest związek pomiędzy owym doświadczeniem wewnętrznym a zewnętrznym doświadczeniem zmysłowym? Czy zmysły jedynie potwierdzają ważność wiecznych prawd danych poprzez inspirację, czy są zainicjowane boskimi relacjami czy też doświadczenie uzyskane na drodze objawienia samo należy ściśle do zmysłów? Carton nie zgadza się z poglądem, jakoby Bacon nie był w rzeczywistości myślicielem mistycznym. Baconowskie "doświadczenie wewnętrzne" jest "hermeneutyczne" - zmysły mają zaledwie drugorzędne znaczenie. "Dwa doświadczenia" Bacona odzwierciedlają jednakże jego odwołania do Augustyna. Dusza czy rozum człowieka są niezdolne do odkrycia prawd bez pomocy ze strony Boga. Co więcej, zewnętrzny świat zmysłowy nie jest oderwany czy odcięty od świata duchowego. Dwie formy ciągłości doświadczenia: "objawienie" i zmysły, są aspektami jednej rzeczywistości stworzonej przez Boga. Wyprowadzamy twierdzenia z zasad, które są naszymi pierwszymi, bezpośrednimi intuicjami. Skoro te twierdzenia zostają potwierdzone przez doświadczenie zmysłowe, objawienie czy iluminacja nie potrzebuje przychodzić ponownie do każdego badacza. To nie wydaje się szczególnie przeczyć sposobowi, w jaki nauka w rzeczywistości się rozwija. Skoro zostało ogłoszone prawo lub teoria, sposób jego powstawania nie jest warunkiem wstępnym dla innych naukowców.

Doświadczenie zmysłowe jest materiałem, z którego powstała filozofia nauki Bacona. "To, że Bacon wiedział o doniosłości metody eksperymentalnej jest widoczne poprzez fakt, że cały czas jej używał, jednakże nie widać, jakoby kiedykolwiek próbował on te metodę zdefiniować, czy wyróżnić ją spośród zwykłych obserwacji." Poprzez "drugi rodzaj" doświadczenia Bacon odnosi się więc do tego, co uzyskuje się dzięki obserwacji czy eksperymentowi. A. G. Little podsumowuje poglądy Bacona na temat dwóch typów doświadczenia i ich związek ze sprzeciwem Bacona wobec metody a priori: "Te dwa rodzaje doświadczenia są podobne pod tym względem, iż działają poprzez bezpośredni kontakt z rzeczywistością, a nie poprzez rozumowanie."

III. Nauka eksperymentalna

"(...) bez doświadczenia nic nie mogłoby być dokładnie poznane."

         Bacon odróżnia rozumowanie od doświadczenia jako środka do uzyskania wiedzy, jednakże widzi ich wzajemną zależność.

Są bowiem dwa sposoby osiągania wiedzy, mianowicie rozumowanie i doświadczenie. Rozumowanie prowadzi do konkluzji i sprawia, iż przyjmujemy tę konkluzję, jednakże nie czyni jej pewną ani nie usuwa wątpliwości tak, aby rozum mógł poprzestać na intuicji prawdy, chyba, że rozum odkryje rzecz na drodze doświadczenia; (...)."

Doświadczenie musi zapewnić test dla naszych wydedukowanych twierdzeń, a tym samym potwierdzić ważność naszych bezpośrednich intuicji. Bez obserwacji za pośrednictwem zmysłów, rozum nie ma gwarancji dla swych wierzeń o świecie zewnętrznym: "(...) Roger Bacon nalega na konieczność dokonywania obserwacji i eksperymentów dla osiągnięcia prawdziwej wiedzy o wydarzeniach w przyrodzie." Samo rozumowanie jest niewystarczające do osiągnięcia wiedzy.

Podczas kiedy Bacon często mówi o dyscyplinie jaką jest nauka eksperymentalna, jako o nauce oddzielnej i różnej od innych nauk, jest oczywiście świadomy, iż w stosunku do nich jest ona procedurą, bez której inne nauki nie mogą funkcjonować. Nauka eksperymentalna ma trzy "godności" czy "prerogatywy". "Daje świadectwo" wszystkich innych nauk dzięki obserwacji. Stanowi dodatek do innych nauk poprzez "uwzględnianie faktów, które leżą w sferze innych nauk, choć poza ich aktualnym zasięgiem.". Po trzecie nauka eksperymentalna sama bada sekrety przyrody. Wydaje się, że Bacon wskazuje, iż nauka eksperymentalna posiada obszar lub królestwo badań, które jest charakterystyczne tylko dla niej. Ale tego nie wyjaśnia.

Bacon utrzymuje, że naukowy sposób postępowania polega na otwartości na nowe hipotezy. Wewnętrzna iluminacja, o której była mowa wcześniej, może w rzeczy samej być przygotowaniem na taką otwartość. Nie możemy eksperymentować bez hipotezy, a skoro eksperymentujemy, dalsze rozumowanie jest istotne:

Stąd na pierwszym miejscu winna znaleźć się gotowość do uwierzenia, zanim nastąpi eksperyment, który jest na drugim miejscu, aby po trzecie zaczęło funkcjonować rozumowanie (podkr. autora).

Testując hipotezę (która może pochodzić od nas samych lub od innych naukowców), należy zanalizować istotne przyczyny. Co więcej, winniśmy użyć naszych obserwacji jako bazy dla wyjaśniania przyczynowego: "Bacon próbuje co najmniej najpierw spojrzeć na rzeczywistość zewnętrzną i oprzeć swe rozumowe wyjaśnienia przemian materialnych na zaobserwowanych faktach."