Oczywista niekonsekwencja Bacona polega na utrzymywaniu z jednej strony, że prawdy matematyczne dają się udowodnić w sposób pewny dzięki przyczynom koniecznym i właściwym, a podkreślaniu z drugiej strony, że nawet prawdy matematyczne wymagają doświadczalnej weryfikacji. Jest ona jednak później zniesiona poprzez potraktowanie matematyki jako szkieletu i metody, do której stosuje się nasze empiryczne badania. Nauka eksperymentalna musi działać na bazie matematycznych oznaczeń, które same w sobie nie wystarczają jednakże do osiągnięcia prawdy o rzeczywistości.

Podobnie jak poprawna "metoda eksperymentalna", matematyka funkcjonuje jako wymiar badawczy wymagany przez różne nauki szczegółowe. Choć sam Bacon mówi zarówno o matematyce, jak i o nauce eksperymentalnej jako o sui generis naukach, jego charakterystyka tych nauk zadaje kłam etykietom, jakie im nadał. Nauka eksperymentalna reprezentuje zmysłowo uchwytne składniki metody badań naukowych, a matematyka logiczno - wzorcową cechę nauki. Zauważamy znaczenie "uzupełniania się" w następującym twierdzeniu Éthienne Gilson'a: "(...) było rzeczą charakterystyczną dla Francuza, że [Roger Bacon] miał tak żywe poczucie konieczności eksperymentu. Jego prawdziwym mistrzem w tej kwestii (...) był Piotr z Maricourt (...). Piotr ogłosił w swych Listach o magnetyzmie konieczność uzupełnienia metody matematycznej metodą naukową."

Matematyka jest więc narzędziem dla eksperymentatorów, którzy zawsze mają na myśli matematyczne struktury: "Bacon często nalega na konieczność stosowania matematyki w badaniu zjawisk fizycznych. Stara się sformułować ogólną naukę, która winna sprowadzić działanie ciał i pierwiastków do zasad matematycznych." Nie da się zweryfikować wniosków matematycznych w takim stopniu, jak to czynimy w przypadku przewidywań poczynionych w wyniku zastosowań owych wniosków. Newbold umieszcza koncepcję Bacona ściśle pomiędzy matematyką a eksperymentem: "(...) jest tylko jeden podstawowy test wiedzy, doświadczenie i tylko jeden sposób przetwarzania takiej wiedzy w naukę, mianowicie pokazując  jej zgodność z prawami matematyki" (podkr. Autora). To sugeruje, że Bacon propagował hipotetyczno - deukcyjny model Platona: poprzez dokonywanie analiz, dochodzimy od eksperymentu do pierwszych zasad. Następnie syntetyzując, czy porządkując wykazujemy, że wyniki naszych eksperymentów wypływają z owych zasad.

Matematyczne i dedukcyjne teoretyzowanie jest konieczne do uporządkowania i skompletowania wyników naszych obserwacji empirycznych. Wnikliwość Bacona polega nie tylko na odrzuceniu opierania się wyłącznie na szkolnej metodzie dedukcyjnej, ale na jego akceptacji dla tej metody jako jednej ze ścianek procedury naukowej. Okres średniowiecza i czasy nowożytne zostały połączone mostem przez filozofię nauki Bacona, i dlatego też to właśnie jemu czasy nowożytne zawdzięczają swój impet.